W tej serii Zack wyjeżdża do Iraku. Temp zaczyna olewać prace i nie jeździ na miejsca1zbrodni z Boothem. Dopiero po powrocie Zacka Pani Doktor wraca do pracy. W trakcie serii1Brennan zbliża się do zamkniętego w więzieniu ojca i godzi się z nim. W trakcie serii1poznajemy Gormogona, seryjnego morderce, który towarzyszy nam do końca sezonu 3. Booth i1Bones zostają skierowani na "terapię partnerską" u dr. Lance'a Sweetsa.