W drugiej serii Temperance powraca do pracy. W jej pracy pojawiły się nagłe zmiany1które wytwarzają niepotrzebne napięcia. Pani Doktor nadal jest zdystansowana do1świata. W trakcie sezonu powraca sprawa ojca głównej bohaterki i niebezpieczeństwa1grożącego rodzeństwu Brennanów. Ojciec Temp zabija skorumpowanego szefa FBI. Pod1koniec serii Bones zaczyna spotykać się z agentem FBI, Sullivanem, zwanym Sullym.1Późniejszy tok wydarzeń sprawia, że ostatecznie do małżeństwa Angie i Jacka nie1dochodzi, a przed ołtarzem stoją Booth i Bones.